韦恩图2

作者

[编辑] 郑虎;

[审核] .

注记

Hiplot 网站

本页面为 Hiplot Venn2 插件的源码版本教程,您也可以使用 Hiplot 网站实现无代码绘图,更多信息请查看以下链接:

https://hiplot.cn/basic/venn2?lang=zh_cn

维恩图是一种表示不同有限集合之间所有可能的逻辑关系的图。这些图将集合内元素描述为平面上的点,将集合描述为封闭曲线内的区域。维恩图由多个重叠的闭合曲线 (通常是圆) 组成,每个曲线代表一个集合。标记为S曲线内的点表示集合 S 中的元素,而边界外的点表示集合 S 中不存在的元素。例如,两个集合中的所有元素的交集,S∩T,在视觉上用集合 S 和 T 的重叠区域来表示。在维恩图中,曲线以各种可能的方式重叠,显示了集合之间所有可能的关系。

环境配置

  • 系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)

  • 编程语言: R

  • 依赖包: venn

# 安装包
if (!requireNamespace("venn", quietly = TRUE)) {
  install.packages("venn")
}

# 加载包
library(venn)

数据准备

载入数据为 5 个含有基因名称的集合。

# 加载数据
data <- read.delim("files/Hiplot/179-venn2-data.txt", header = T)

# 整理数据格式
data_venn <- as.list(data)
data_venn <- lapply(data_venn, function(x) {
  x[is.na(x)] <- ""
  x <- x[x != ""]
  return(x)
})

# 查看数据
head(data)
     Set1      Set2     Set3      Set4    Set5
1   ISG15      HES5     DVL1   MATP6P1 FAM132A
2  TTLL10  AURKAIP1 ARHGEF16   MIR551A    AGRN
3    HES4 LINC00982   OR4F16  C1orf222 WBP1LP6
4  OR4G4P    FAM87B      SKI   MIR200B  KLHL17
5 MND2P28       SKI   WASH7P LINC00115  FAM41C
6  FAM87B     GABRD    MEGF6    ATAD3B   PANK4

可视化

# 韦恩图2
col <- c("#E64B35FF","#4DBBD5FF","#00A087FF","#3C5488FF","#F39B7FFF")
venn(x=data_venn, opacity=0.8, ggplot=F, ilabels = TRUE, zcolor=col, box=F)
title(main = "Vene Plot (5 sets)", line = -1)
图 1: 韦恩图2

5 种颜色的闭合曲线代表 5 个集合,数字表示多个集合重叠或者未重叠的基因数,例如:示例图中 8 代表 5 个示例集合中均含有 8 个相同的基因名称。