# 安装包
if (!requireNamespace("venn", quietly = TRUE)) {
install.packages("venn")
}
# 加载包
library(venn)
韦恩图2
注记
Hiplot 网站
本页面为 Hiplot Venn2
插件的源码版本教程,您也可以使用 Hiplot 网站实现无代码绘图,更多信息请查看以下链接:
维恩图是一种表示不同有限集合之间所有可能的逻辑关系的图。这些图将集合内元素描述为平面上的点,将集合描述为封闭曲线内的区域。维恩图由多个重叠的闭合曲线 (通常是圆) 组成,每个曲线代表一个集合。标记为S曲线内的点表示集合 S 中的元素,而边界外的点表示集合 S 中不存在的元素。例如,两个集合中的所有元素的交集,S∩T,在视觉上用集合 S 和 T 的重叠区域来表示。在维恩图中,曲线以各种可能的方式重叠,显示了集合之间所有可能的关系。
环境配置
系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)
编程语言: R
依赖包:
venn
数据准备
载入数据为 5 个含有基因名称的集合。
# 加载数据
<- read.delim("files/Hiplot/179-venn2-data.txt", header = T)
data
# 整理数据格式
<- as.list(data)
data_venn <- lapply(data_venn, function(x) {
data_venn is.na(x)] <- ""
x[<- x[x != ""]
x return(x)
})
# 查看数据
head(data)
Set1 Set2 Set3 Set4 Set5
1 ISG15 HES5 DVL1 MATP6P1 FAM132A
2 TTLL10 AURKAIP1 ARHGEF16 MIR551A AGRN
3 HES4 LINC00982 OR4F16 C1orf222 WBP1LP6
4 OR4G4P FAM87B SKI MIR200B KLHL17
5 MND2P28 SKI WASH7P LINC00115 FAM41C
6 FAM87B GABRD MEGF6 ATAD3B PANK4
可视化
# 韦恩图2
<- c("#E64B35FF","#4DBBD5FF","#00A087FF","#3C5488FF","#F39B7FFF")
col venn(x=data_venn, opacity=0.8, ggplot=F, ilabels = TRUE, zcolor=col, box=F)
title(main = "Vene Plot (5 sets)", line = -1)

5 种颜色的闭合曲线代表 5 个集合,数字表示多个集合重叠或者未重叠的基因数,例如:示例图中 8 代表 5 个示例集合中均含有 8 个相同的基因名称。