玫瑰图

作者

[编辑] 郑虎;

[审核] .

注记

Hiplot 网站

本页面为 Hiplot Rose Chart 插件的源码版本教程，您也可以使用 Hiplot 网站实现无代码绘图，更多信息请查看以下链接:

https://hiplot.cn/basic/rose-chart?lang=zh_cn

玫瑰图是一种在极坐标下绘制的柱形图，使用圆弧的半径长短表示数据的大小。

环境配置

  • 系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)

  • 编程语言: R

  • 依赖包: ggplot2

# 安装包
if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) {
  install.packages("ggplot2")
}

# 加载包
library(ggplot2)

数据准备

载入数据为分为三列，第一列是样本名称，第二列为分组，第三列为样本对应的数值。

# 加载数据
data <- read.delim("files/Hiplot/157-rose-chart-data.txt", header = T)

# 整理数据格式
data[, 2] <- factor(data[, 2], levels = unique(data[, 2]))

# 查看数据
head(data)
    Sample       Group Freq
1    Brain Upregulated  142
2    Colon Upregulated  270
3   Kidney Upregulated  108
4 Pancreas Upregulated  194
5     Skin Upregulated  189
6   Testis Upregulated   97

可视化

# 玫瑰图
p <- ggplot(data, aes(x = Sample, y = Freq)) +
  geom_col(aes(fill = Group), width = 0.9, size = 0, alpha = 0.8) +
  coord_polar() +
  ggtitle("Rose Chart") +
  scale_fill_manual(values = c("#E64B35FF", "#4DBBD5FF")) +
  theme_bw() +
  theme(aspect.ratio = 1,
        axis.text.x = element_text(colour = "black"),
        axis.text.y = element_text(colour = "black"),
        legend.title = element_blank(),
        legend.position = "bottom",
        plot.title = element_text(hjust = 0.5))

p
图 1: 玫瑰图

案例数据中是使用scRNA-Seq对人类不同器官进行测序后，得到的不同器官上下调基因的分布情况。